Cuando estalló la guerra entre Perugia y Malatesta en 1416, Juan trató de conseguir la paz, pero en vez lo tomaron prisionero de guerra. En la cárcel decidió entregarse del todo a Dios. Tuvo un sueño en el que vió a San Francisco que le llamaba a entrar en la orden franciscana. Juan se había casado justo antes de caer preso, pero el matrimonio nunca se consumó y fue declarado anulado.

Fue discípulo de san Bernardino de Siena quien le enseñó teología. Se distinguió como predicador aun siendo diácono. Ordenado a los 33 años. Por 40 años fue predicador itinerante por Italia y otros países. Una vez en Brescia (Italia) predicó a una multitud de 126,000 personas que habían venido de las provincias vecinas. Por su radical llamada a la conversión y su sencillez, la gente lo relacionaba con San Juan Bautista. Traían las cosas de superstición y ocultismo y las quemaban en hogueras públicas. Tenía gran fama por su don de curación y le traían a los enfermos para que les haga la señal de la cruz. Como San Bernardino, propagó la devoción al nombre de Jesús, por lo ambos, junto con otros franciscanos, fueron acusados de herejes. El defendió al grupo con éxito.

Muchos jóvenes le seguían a la vida religiosa. Estableció comunidades franciscanas. Escribió extensivamente, sobre todo contra las herejías de su época. Muchos de sus sermones se conservan.

Dormía y comía poco. Hacía mucha penitencia.

Dos veces la comunidad franciscana lo eligió como vicario general. En visita en Francia conoció a Sta. Colette, reformadora de la orden de las clarisas, con la que simpatizaba.

Juan tenía gran don para la diplomacia. Era sabio y prudente, sabiendo medir sus palabras para que estas sirvan la voluntad de Dios. Cuatro Pontífices (Martín V, Eugenio IV, Nicolás V y Calixto III) lo emplearon como embajador en muchas y muy delicadas misiones diplomáticas con muy buenos resultados. Tres veces le ofrecieron nombrarlo obispo de importantes ciudades pero prefirió seguir siendo un pobre predicador.

Fue nuncio apostólico en Austria donde predicó extensivamente y combatió la herejía de los husitas. También predicó con gran fruto en Polonia, invitado por Casimiro IV.

Los cruzados defienden Europa

En 1451 el Sultan Mahoma II se lanzó una campaña con el fin de lograr la conquista de Europa. Conquistó a Constantinopla en 1453 y entonces se preparó para invadir a Hungría. En 1454 Servia cayó en sus manos. Las noticias procedentes Servia eran horribles: quienes se resistían a renunciar a Cristo eran torturados. Todo lo que fuese cristiano era destruido o confiscado.

Batalla de Belgrado, 1456, salva a Europa de los musulmanes.

Los musulmanes atacaban a Belgrado Contaban con 200 cañones, 50,000 de caballería y una gran flota que penetró por el río Danubio. Ante la superioridad de las fuerzas enemigas, los cristianos pensaban retirarse. Pero intervino Juan de Capistrano convenciendo a Hunyady a que atacara la flota turca a pesar de ser mucho más numerosa. En el momento en que los defensores de la ciudad se iban a retirar dándose por vencidos, Juan los animó llevando en sus manos una bandera con la cruz y gritando sin cesar: “Jesús, Jesús, Jesús”. Recorrió todos los batallones gritando entusiasmado: “Creyentes valientes, todos a defender nuestra santa religión”. Juan nunca utilizó las armas de este mundo sino la oración, la penitencia y la predicación.

Mientras se luchaba en Belgrado, el Papa pidió rezar el Angelus por la victoria. Los musulmanes fueron vencidos y tuvieron que retirarse de la región. Así se ganó la batalla de Belgrado el 21-22 de julio de 1456.

San Juan de Capistrano había ofrecido a Dios su vida por salvar la cristiandad. Dios le aceptó su oferta y pronto murió junto con Hunyady víctimas del tifo. Los cadáveres de los muertos en batalla causaron una epidemia de tifo que también contagió al santo que ya estaba débil y anciano. Murió en Villach, Hungría, unos meses mas tarde, el 23 de octubre.

En Estados Unidos su nombre es famoso por la misión franciscana en California que lleva su nombre.